토마스 제퍼슨은 대통령에 취임하면서 행복하고 희망적이었습니다. 그의 새정당인 공화당은 앞서 출발한 연방당을 물리쳤습니다. 연방당은 12년동안 정부를 장악해왔습니다. 미국 초대 대통령 죠지 워싱턴은 연방당이 아니었습니다. 그러나 워싱턴 대통령의 8년 임기동안 연방당은 행정부와 의회를 장악했습니다. 2대 대통령 죤 아담스는 연방당이었습니다. 따라서 연방당은 아담스 집권때도 정부를 장악했습니다.
연방당과 공화당은 국가를 이끌어가는 점에서 매우 다른 견해를 갖고 있었습니다. 그러나 정권 교체는 평화적으로 이루어졌습니다. 제퍼슨은 바로 이점을 중요하게 여겼습니다. 그는 이렇게 말했습니다. “우리가 이 나라에서 행한 일들은 모두 새로운 것이다. 국민 여론에 의한 힘은 새로운 것이다. 그러나 무엇보다도 중요하고 다행한 새로움은 폭력이 없이 정권이 교체됐다는 것이다. 이는 오랫동안 우리 공화국을 이끌어갈 미국적 특징의 힘을 보여준 것이다.” 제퍼슨 대통령은 국가를 위해 연방당과 협력하기를 원했습니다. 그러나 그는 내각에 연방당원을 한사람도 기용하지 않았습니다. 모든 각료들은 제퍼슨에 충성하는 사람들뿐이었습니다. 국무장관은 버지니아의 제임스 매디슨, 재무장관은 펜실바니아의 알버트 갈라틴, 전쟁장관에는 뉴잉글랜드의 헨리 디어본 장군, 해군 장관에는 메릴랜드주 발티모어의 로버트 스미스, 법무장관으로는 매사츄셋즈 주의 리바이 링컨이 임명됐습니다. 다른 정부 직책을 임명하는데 제퍼슨은 중도 노선을 택했습니다. 그는 죤 아담스의 임기말 기용된 모든 각료들을 해임시켰습니다. 즉 제퍼슨이 대통령에 당선되고 아직은 취임을 하지 않은 일종의 공백기간에 임명된 사람들이었습니다. 제퍼슨은 또 정직하지 못한것으로 판명된 사람들도 제거하기 바랐습니다. 그는 이렇게 말했습니다. “정부 직책에 있는 연방당원들은 정직하게 일했고 정의롭게 일했다면 염려할 필요가 없다. 좋지않은 관행을 가진 자들은 물러나야 된다. 내가 임명한 인사들은 최고의 행실을 보여야 된다. 나는 그런 사람 외에는 아무도 받아들일수 없다.” 연방당 지도자들은 제퍼슨의 정책을 규탄했습니다. 이들은 연방당이 갖고 있던 요직을 그대로 유지해야 된다고 주장했습니다. 여러 공화당원들도 제퍼슨을 비난했습니다. 이들은 연방당은 단 한사람도 정부 직책을 맡아서는 안된다고 주장했습니다. 제퍼슨은 중간에 낀 존재가 됐습니다. 그러나 제퍼슨은 그같은 비난에 이렇게 답했습니다. “연방당과 공화당 양쪽에서 나오는 큰소리와 아우성은 나의 마음을 바꾸지 못한다. 나는 단 한사람도 그때문에 임명하거나 해임하지 않을 것이다. 나는 내가 옳다고 생각하는대로 조치할 것이다.” 일단 내각을 구성한 제퍼슨 대통령은 행정부의 정책을 마련하기 시작했습니다. 그에게는 가장 가까운 측근으로 국무장관 제임스 매디슨과 재무장관 알버트 갈라틴이 있었습니다. 맨먼저 이들은 경제 정책을 논의했습니다. 이들은 정부가 아담스 정부에서와 같은 대규모 지출을 하지 말아야 된다는데 의견을 같이 했습니다. 따라서 각부처에 배당되는 자금이 줄어들게 됐습니다. 이들은 또 정부 부채를 간능한한 빨리 청산해야 된다는데 의견을 같이했습니다. 당시 정부는 수백만 달라의 부채를 지고 있었으며 그 이자가 눈덩이처럼 불어나고 있었습니다. 갈라틴은 이렇게 말했습니다. “우리는 강력한 정책을 가져야 된다. 부채는 상환돼야 한다. 만약 우리가 그렇게 하지 않는다면 우리의 자녀들, 후손들, 그리고 앞으로 여러 세대가 우리의 실수로 인한 댓가를 치루어야 할것이다.” 제퍼슨 대통령은 정부 부채를 청산하기 원했습니다. 그는 또한 위스키나 담배와 같은 상품을 포함해 일부 제품의 생산세 판매세등을 줄이기 원했습니다. 그는 정부가 수입관세와 국유지 매각을 통해 필요한 재원을 모두 충당할수 있기를 희망했습니다. 제퍼슨은 행정부내의 불필요한 일자리를 없앰으로써 정부 예산을 절약했습니다. 그는 미국 대사의 수도 줄였습니다. 세금 조사원은 완전히 없앴습니다. 다음 조치는 의회가 해야 할 일들이었습니다. 제퍼슨 대통령은 이렇게 말했습니다. “모든 정부 부처는 의회의 법에 의해 창설됐다. 이러한 부서의 직책에 대해서는 의회가 단독으로 처리해야 할 것이다. 미국 국민은 이러한 직책을 위해 세금을 냈다. 필요한 것 이상으로 정부가 국민들로부터 돈을 거두어 들인다는 것은 옳지 않다.” 제퍼슨은 특히 의회가 사법부의 규모를 줄이기 원했습니다. 그는 아담스 대통령 임기말에 임명된 모든 연방당 판사들을 해임하기 원했습니다. 이들 판사는 소위 ‘깊은 밤의 판사들’로 불리웠습니다. 연방당은 분개했습니다. 이들은 제퍼슨이 사법부를 망치려 한다고 주장했습니다. 연방당원들은 제퍼슨의 경제 정책이 나라를 파국으로 몰고갈 것이라고 말했습니다. 이들은 또 연방당원들이 해임되면 무정부 상태가 될 것이라고 경고했습니다. 대부분 사람들은 그러나 제퍼슨의 말을 좋아했습니다. 국민들은 특히 그의 세금 삭감 계획을 반가워했습니다. 제퍼슨에 대한 가장 강력한 비판자는 그의 오랜 정적인 알렉산더 해밀턴이었습니다. 해밀턴은 미국의 첫 재무장관이었습니다. 이제 해밀턴은 뉴욕시에서 개인 변호사로 일하고 있었습니다. 그는 자신이 창간한 일간지 뉴욕 이브닝 포스트 (New York Evening Post)를 이용해 제퍼슨에 대한 비판적인 글을 실었습니다. 제퍼슨의 정책에 대한 논쟁이 계속되는 가운데 의회는 연방 법원의 수를 줄이는 문제를 토의했습니다. 연방당 소속 의원들은 대통령이 사법부를 방해하려 한다고 주장하고, 그것은 헌법에 위배된다고 말했습니다. 공화당 의원들은 헌법이 의회에 법원을 창설하고 폐지하는 권한을 주었다고 강조했습니다. 이들은 구 정권이 이른바‘깊은 밤의 판사들’을 임명할 권리가 없었다고 말했습니다. 그같은 논쟁에서 공화당이 이겼습니다. 즉 의회는 법원 문제에 대한 제퍼슨 대통령의 제안을 통과시킨 것입니다. 다음으로 의회는 대통령의 세금 삭감안을 토의했습니다. 연방당원들은 수입세금에 주로 의지한다는 것은 정부를 위험에 빠뜨린다고 주장했습니다. 이들은 그같은 정책이 밀수를 부추길 것이라고 말했습니다. 사람들은 세금을 내지 않기 위해 비밀리에 상품을 반입하려 한다는 것이었습니다. 연방당원들은 또 정부가 세금을 감면하면 부채를 청산할수 없을 것이라고 말했습니다. 그렇게 되면 아무도 미국에 다시 투자를 하지 않을 것이라고 주장했습니다. 공화당은 밀수를 두려워 하지 않는다고 말하고 위험은 오히려 미국 국민에게 세금을 부과하는데서 생길수 있다고 주장했습니다. 따라서 생산세, 판매세를 부과할 필요가 없다는 것이었습니다. 공화당은 국민도 그것을 알고 있다고 말했습니다. 공화당은 그같은 정책으로도 정부는 부채를 청산할 자금을 확보할수 있다고 강조했습니다. 이 논쟁에서도 공화당이 이겼습니다. 상원과 하원은 대통령의 세금 삭감안을 통과시켰습니다. 의회는 다음 문제로 넘어갔습니다. 그러나 ‘깊은 밤의 판사들’문제는 여전히 미해결로 남아있었습니다. 실제로 대법원은 해임 대상이된 판사 한명의 소송에 대한 공판을 열 계획이었습니다. 당시 대법원의 판결은 오늘날까지도 영향을 미치고 있는 극히 중요한 법원의 권한을 부여했습니다.